Naegi Makoto ist ein Schüler der Hope's Peak Academy, bekannt für seinen unerschütterlichen Optimismus und seinen Glauben an die Hoffnung. Als ultimativer Glücksschüler findet er sich in einer verzweifelten Situation wieder, in der er und seine Klassenkameraden in einem tödlichen Spiel gefangen sind, das von Monokuma, einem bärenartigen Antagonisten, inszeniert wird. Naegis Mitgefühl treibt ihn an, seine Freunde zu unterstützen, während er die Herausforderungen ihrer verzweifelten Umstände meistert. Er wird oft als Leuchtfeuer der Hoffnung inmitten des Chaos gesehen, der danach strebt, die Wahrheit hinter den Mysterien aufzudecken, denen sie sich stellen müssen, selbst wenn die Chancen gegen ihn stehen. Seine Entschlossenheit, an das Gute in anderen zu glauben, hilft ihm, seine Mitschüler zu sammeln und sich der Dunkelheit um sie herum zu stellen.