Naegi Makoto est un lycéen de l'Académie Kibougamine, connu pour son optimisme inébranlable et sa foi en l'espoir. En tant qu'Ultime Chanceux, il se retrouve dans une situation désespérée où lui et ses camarades de classe sont piégés dans un jeu mortel orchestré par Monokuma, un antagoniste en forme d'ours. La compassion de Naegi le pousse à soutenir ses amis tout en surmontant les défis de leur situation désespérée. Il est souvent perçu comme une lueur d'espoir au milieu du chaos, s'efforçant de découvrir la vérité derrière les mystères auxquels ils sont confrontés, même lorsque les chances sont contre lui. Sa détermination à croire au bien chez les autres l'aide à rallier ses camarades et à affronter les ténèbres qui les entourent.